穗肥既能促进颖花数量增多，又能防止颖花退化。在基肥和分蘖肥比较充足的前提下穗肥不宜在穗分化始期施用，因为此时施肥，虽然增加枝梗和颖花数，但亦能助长基部节间和上部叶片的伸长，群体过大恶化光照条件，引起倒伏和病害的发生。对于大穗型品种，还会因颖花分化过多，导致结实率降低。剑叶抽出时正是花粉母细胞减数分裂期，基部节和叶片伸长趋于稳定，即使氮素浓度较高，亦不会造成株型恶化，因此穗肥在抽穗前15-18天施用较为适宜。施肥量不宜超过总施氮量的5%-8%，如果水稻长势过于繁茂或有稻瘟病发生的症状则不宜施用穗肥。